Los humedales del Pantanal del Brasil, Bolivia y Paraguay son los ecosistemas de agua fresca más importantes del hemisferio y también son considerados como los humedales más grandes del mundo, cubriendo más de 140 mil kilómetros cuadrados de extensión (el tamaño del estado de Dakota del Sur en los Estados Unidos).

Aproximadamente de un diez al quince por ciento de esta área está localizada en el Paraguay. La ecoregión cuenta con numerosas amenazas, incluyendo el marcado crecimiento de la frontera agrícola, especialmente en el Brasil, el cual muchas veces afecta directamente a las ecoregiones ubicadas en el Paraguay; el desarrollo de la vía férrea en el Brasil y el de un gasoducto en Bolivia, todos con potencial influencia sobre el Paraguay ya que pasarán por su territorio afectando de una u otra forma las ecoregiones del Chaco y Pantanal, así como el proyecto de financiación multilateral denominado Hidrovía. Otras amenazas que podrían sumarse son, un nuevo puente entre Paraguay y Brasil y una ruta pavimentada que una las ciudades de Puerto Mourtinho y Loma Plata.